Proces byłego księdza rozpoczął się w 2020 roku przed Sądem Rejonowym w Nowym Targu. Związane z nim śledztwo dotyczyło seksualnego wykorzystania 22. nieletnich, jednak w stosunku do jedenastu pokrzywdzonych przestępstwo zostało umorzone z uwagi na przedawnienie. Pokrzywdzeni to byli ministranci lub lektorzy w parafiach Mariana W. Tym razem, jak wyjaśnia rzecznik prasowy nowosądeckiej prokuratury prok. Leszek Karp, Marianowi W. zarzuca się doprowadzenie w latach 2007-2011 małoletniego ministranta a następnie lektora, do poddania się tzw. innym czynnościom seksualnym poprzez wykorzystanie m.in. stosunku zależności występującego pomiędzy kapłanem a pokrzywdzonym. – Konsekwencją tych zachowań księdza było spowodowanie rozstroju zdrowia pokrzywdzonego w postaci psychicznych konsekwencji wykorzystania seksualnego dzieci – oznajmił rzecznik prokuratury i dodał, że oskarżony nie przyznał się do winy. Marian W. decyzją sądu w listopadzie 2020 r. opuścił areszt. Wnioskowali o to jego obrońcy.
Do przestępstw seksualnych popełnianych przez księdza W. dochodziło w wielu parafiach w diecezji tarnowskiej. Strona kościelna zawiadomiła o nich prokuraturę, kiedy w życie weszły przepisy, które to nakazywały.
Zdaniem adwokata Artura Nowaka, który reprezentuje w sądzie część pokrzywdzonych przez byłego księdza Mariana W., jest to największy proces pedofilski dotyczący kościoła w Polsce.