Po raz pierwszy strzały w Palmirach padły 69 lat temu - 14 grudnia 1939 roku. W 21 egzekucjach rozstrzelano ponad 1700 osób - głównie więźniów Pawiaka. Największe egzekucje odbyły się w czerwcu 1940 w ramach akcji A-B mającej na celu eksterminację polskiej inteligencji. Zginęło wtedy wielu polityków, naukowców, sportowców.
Spoczywają tu, m.in. Janusz Kusociński - lekkoatleta i zdobywca złotego medalu olimpijskiego; Maciej Rataj - były marszałek Sejmu, Jan Podolski - były wiceprezydent Warszawy.
Niemcy starali się ukryć masowe groby, sadząc np. młodniki, ale mieszkańcy wsi oznaczali miejsca zbrodni. Po wojnie przeprowadzona została ekshumacja i utworzono cmentarz mauzoleum.
Znajdują się tu mogiły ponad 2200 osób straconych w Palmirach oraz w okolicznym lesie. Przy wejściu widnieje napis: "Łatwo jest mówić o Polsce, trudniej dla niej pracować, jeszcze trudniej umrzeć, a najtrudniej cierpieć". Słowa te zostały pierwotnie wyryte przez nieznanego więźnia na ścianie celi w więzieniu w alei Szucha.
Nad cmentarzem na wydmie otoczonej jałowcami górują trzy krzyże. Ich ramiona symbolizują rozłożone ręce rozstrzeliwanego człowieka. Urna na symbolicznym ołtarzu zawiera ziemię z miejsc, gdzie ofiary zostały zamordowane.
W okolicy miejsca pochówków oznaczono betonowymi krzyżami. Obok cmentarza znajduje się Muzeum Walki i Męczeństwa, gdzie w gablotach leżą dokumenty i przedmioty osobiste rozstrzelanych więźniów. Trzy lata temu z krzyży na cmentarzu ukradziono 2218 aluminiowych tabliczek identyfikujących pomordowanych. Dzisiaj zamontowano nowe - z żywicy epoksydowej - niestanowiące istotnej wartości dla złodziei.